在豆制品生产过程中产生的废水里，泡豆水中的杂质比较多，而清洗设备所用的水可以进行循环利用，大豆黄浆水中的可回收成分含量较高，所以对废水综合利用的研究对象主要是黄浆水。大豆黄浆水中含有大豆乳清蛋白、多肽、低聚糖以及异黄酮等有机成分，常用的处理废水的方法是利用好氧或者厌氧的方法对废水进行消化使其达到污水排放标准后排放，这种处理方法虽然非常有效，但是处理废水的工序比较复杂且需要一定的设备以及运行成本，最后还得不到任何的回报，是十分不经济的。综合处理豆制品废水是回收利用其中的有效成分，并且在回收以后能明显的降低废水的 COD、可溶性固形物含量以及其他指标，这样做既有效地处理了废水，又使得对豆制品废水处理的投入有了回报，是一举两得的事情。

豆制品废水中的成分和利用碱溶酸沉法生产大豆蛋白时所产生的大豆乳清废水的成分极为相似，其主要成分都是水溶性好的糖和未沉淀的蛋白，处理豆制品废水的方法也可以参考处理大豆乳清废水的方法来进行。大豆黄浆水尽管是高浓度的有机废水，但是原料浓度增大可以提高处理的效率。

有人使用两级纳滤连接反渗透工艺模拟处理大豆乳清废水，通过两级纳滤的透过液中不再含有大豆蛋白质，溶液中大部分 NaCl 透过了纳滤膜，这样可以有效地对大豆乳清废水进行浓缩和除盐，得到的纳滤透过液可以通过反渗透来对其进行脱盐，并得到浓盐水和 RO 水。还有人使用冷冻浓缩的方式处理豆腐废水，通过三级冷冻浓缩可使豆腐废水中可溶性固形物含量从1.9°Brix 提高到 15.5°Brix，在保留绝大部分功能性成分的前提下有效地对废水进行了浓缩。

豆制品废水通过多级冷冻浓缩进行预处理，可提高绝大部分功能性成分的保留效率。采用膜分离和絮凝等技术可以从豆制品废水中分离大豆乳清蛋白、大豆低聚糖和大豆异黄酮等产物。向豆制品废水中加入微生物所需的营养物质再灭菌后可制成微生物培养液，用于培养微生物以获得菌体或副产物。